Naime, reč je o eksklavi, teritoriji fizički odvojenoj od ostatka teritorije Azerbejdžana, a između ta dva područja nalaze se Jermenija i Nagorno-Karabah. Na zapadu, Nahčivan se graniči sa Turskom, a na jugu sa Iranom, odnosno sa iranskim pokrajinama Zapadni Azerbejdžan i Istočni Azerbejdžan.
Istorija male Republike je burna, a interesantno je da već u 11. veku to područje zauzimaju Turci Seldžuci, a u 12. veku grad Nahčivan postaje prestonica države azerbejdžanskih atabega.
U 15. veku region je bio deo turskih država Kara Kojunlu i Ak Kojunlu. U 18. veku formiran je Nahčivanski kanat, koji je nominalno priznavao persijsku vlast. Godine 1828. region postaje ruski posed, a Nahčivanski kanat je ukinut.
Posle Oktobarske revolucije u Rusiji 1917. godine na tom području je proglašena Republika Aras, koja je postojala do 1919. godine, kada je Jermenija izvršila invaziju na nju. Pad Republike pokrenuo je invaziju azerbejdžanske armije, koja, iste godine, izbacuje jermenske trupe iz regiona.
Pošto je sovjetska Crvena armija zauzela region 1920. godine, stvorena je Nahčivanska Autonomna Sovjetska Socijalistička Republika, a na referendumu koji je održan 1921. godine, čak 90 odsto stanovništva Republike izjasnilo se za priključenje Azerbejdžanskoj SSR, što je i učinjeno iste godine.
Posle raspada Sovjetskog Saveza 1991. godine, budući predsednik Azerbejdžana Hejdar Alijev postaje predsednik Nahčivanskog vrhovnog sovjeta i pretvara Nahčivan u teritoriju skoro potpuno nezavisnu od vlasti u Bakuu.
Tokom rata u Nagorno-Karabahu 1992. godine izbili su sporadični oružani sukobi Nahčivana sa Jermenijom, a sledeće godine Parlament Azerbejdžana poziva Hejdara Alijeva da stane na čelo države, tako da on postaje predsednik Azerbejdžana i na toj funkciji ostaje sve do 2003. godine, kada ga je na funkciji nasledio njegov sin, Ilham Alijev.
Nahčivan je do danas zadržao status autonomne republike u sastavu Azerbejdžana, a 1998. godine usvojen je i novi Ustav Republike.
Glavna religija u Republici je islam.
