Raketa se odvojila od lansirne platforme u 11.05 časova po moskovskom vremenu, a 530 sekundi nakon uzletanja modul „Sojuz-2.1a“ odvojio se od trećeg stepena nosača, što je neophodno kako bi se izveo u orbitu.
Posadu čine kosmonauti „Roskosmosa“ Anatolij Ivanišin i Ivan Vagner, kao i astronaut NASA Kris Kesidi. Oni će provesti na Međunarodnoj svemirskoj stanici šest meseci.
Ovo je prvi let svemirskog broda „Sojuz MS-16“ do Međunarodne svemirske stanice. Približavanje broda orbitalnoj stanici odvijaće se po šestočasovnoj šemi, a pristajanje je planirano u 17 časova i 16 minuta po moskovskom vremenu.
Posada će tokom boravka u svemiru obaviti brojne naučne eksperimente koji nisu povezani sa izlaskom u kosmos. Članovi posade će preuzeti dva teretna broda „Progres“, japanski HTV 3 i američki „Cignus“.
Priprema za lansiranje u Bajkonuru odvijala se pod strogom kontrolom zbog pandemije koronavirusne infekcije.