Najviše graničnih sporova imaju Hrvatska i Srbija. I dok se odluka oko hrvatsko-slovenačkog spora u Piranskom zalivu očekuje danas, ostali sporovi još čekaju rešenje.
Piranski zaliv
Osnov spora je u tome što Hrvatska smatra da granica treba da ide sredinom Piranskog zaliva, dok Slovenija smatra da treba da joj pripadne ceo zaliv, uključujući i četiri zaseoka uz reku Dragonju. Da će arbitraža odlučivati o granici dve republike nagoveštavano je još 1995, a odnosi između Slovenije i Hrvatske zaoštrili su se iduće godine, kada je Hrvatska u pravilniku o ribarenju naznačila da granica ide sredinom zaliva.
Uz povremene incidente, otežavanje pristupanja Hrvatske EU, prihvatanje i odbijanje međunarodne arbitraže, afere sa prisluškivanjem visokih funkcionera, odluka o tome kako će Piranski zaliv biti podeljen, očekuje se danas. Ona će dati i odgovor ima li Slovenija izlaz na otvoreno more.
Srpsko-hrvatska granica na Dunavu
U doba SFRJ, međurepublička granica između Srbije i Hrvatske išla je maticom reke Dunav. Problem je, međutim, što je Dunav u međuvremenu promenio tok, tako da između Srbije i Hrvatske postoji spor za oko 11.000 hektara zemljišta — 10.000 hektara koje Hrvatska potražuje ostalo je na srpskoj strani, dok je oko 3.000 ostalo na Hrvatskoj. U centru pograničnog spora su Vukovarska i Šarengradska ada.
Bosna i Hercegovina — Hrvatska
Postoji spor o tome da li ostrvca Mali i Veliki Školj pripadaju Hrvatskoj ili BiH. Hrvati su zabrinuti da, ako ostrva pripadnu BiH a na njima se izgradi luka, vlasti neće voditi računa o očuvanju životne sredine, što će naneti štetu lokalnom turizmu. Takođe, između Hrvatske i BiH postoji spor oko izgradnje Pelješkog mosta, koji bi trebalo da pređe iznad bosanskih teritorijalnih voda.
Drina kao granica
I reka Drina menjala je svoj tok, pa je više hektara zemlje koje pripada srpskoj katastarskim opštini Bogatić ostalo na strani BiH. Takva situacija stvara velike probleme vlasnicima njiva koje su se, sticajem okolnosti našle na suprotnoj strani, jer im je za svakodnevni prelaz međudržavne granice potreban, na primer, zeleni karton za traktore. Rešenje ovog spora otežavaju odluke dejtonskog sporazume, prema čijim odredbama granica Srbije i BiH ide maticom Drine.
Čakor „napada“ Prištinu
Problemi sa razgraničenjem Crne Gore i takozvane države Kosovo nastali su u trenutku kada je ova republika priznala jednostrano proglašenu nezavisnost južne srpske pokrajine. Problem je u oko 900 metara granice, koja je ukupno duga 79 kilometara, na planini Čakor, za koju i Kosovo i Crna Gora tvrde da im pripada. Uništavanje obeležja Crne Gore i incidenti prate ovaj spor. Takođe, suština je da je to granica Srbije sa Crnom Gorom, a ne nepriznatog Kosova.
Prevlaka — najduži spor
Sa ovim strateški važnim poluostrvom na ulazu u Boku Kotorsku, počeli su svi granični sporovi bivših jugoslovenskih republika. Spor oko Prevlake postoji od prvih dana sukoba u bivšoj Jugoslaviji. Posle demilitarizacije južnog dela ovog poluostrva i prisustva snaga UN, 2002. usvojen je još važeći Protokol između Crne Gore i Hrvatske o privremenom režimu te oblasti. Dugo najavljivano rešavanje ovog spora pred međunarodnim sudom prekinuto je sporenjem Crne Gore i Hrvatske oko određivanja granica na moru u cilju istraživanja nafte i gasa.
Sutorina jedina rešena
Sutorina, bokokotorsko selo sa oko petsto stanovnika, jedini je međugranični spor koji je između bivših jugoslovenskih republika rešen dogovorom. Sutorina je do 1947. pripadala BiH, kada je usmenim dogovorom između crnogorskih i bosanskohercegovačkih komunista (Blažo Jovanović i Milovan Đilas sa crnogorske i Avdo Humo i Đuro Pucar Stari sa bosanske strane) Sutorina sa selima Igalo, Sušćepan, Prijevor, Ratiševina i Kruševice pripalo Crnoj Gori.
27. avgusta 2015, predsedništvo BiH prihvatilo je sporazum o razgraničenju sa Crnom Gorom, što je bio prvi sporazum te vrste između bivših jugoslovenskih republika. Tim sporazumom je i Republika Srpska izgubila izlaz na more.
