Bataković je rođen u Beogradu, gde je završio studije istorije na Filozofskom fakultetu 1982. i magistrirao 1988, a doktorirao je 1996. godine na Sorboni u Parizu.
U Istorijskom institutu radio je od 1983. do 1992. godine, kada prelazi u Balkanološki institut SANU. Bio je član uredništva „Književne reči“ (1985-1989), „Zadužbine“ (1990-1994) i „Književnih novina“ (1991-1998).
Od aprila 1998. godine na Filozofskom fakultetu u Beogradu predaje Uvod u istorijske studije i Opštu istoriju novog veka. Posle mandata ambasadora u Grčkoj (2001-2005), Bataković je u julu 2005. imenovan za savetnika predsednika Srbije.
U oktobru 2005. izabran je za direktora Balkanološkog instituta SANU, a na toj funkciji je ponovo od februara 2013. godine.
Bio je član Državnog pregovaračkog tima o budućem statusu Kosova i Metohije od novembra 2005. do jula 2007. godine, kada je imenovan za ambasadora Srbije u Kanadi.
U januaru 2009. postavljen je za ambasadora Srbije u Francuskoj i na toj funkciji je bio do 2012. godine. Bataković je bio i šef delegacije Srbije pri Međunarodnom sudu pravde u Hagu od 2009. do 2011. godine.
