Mikojan je čitav život radio u konstruktorskom birou svog strica. On je bio poznati inženjer, zamenik glavnog konstruktora.
Ivan Mikojan je jedan od tvoraca višenamenskog lovca MiG-29, za šta je dva puta bio nagrađivan državnom nagradom. Do kraja života on je bio savetnik Ruske korporacije za proizvodnju aviona MiG.