Morsi je u aprilu 2015. proglašen krivim za ulogu u krvavim sukobima ispred predsedničke palate.
Njegove pristalice su se tada sukobile sa demonstrantima nakon što je Morsi objavio dekret kojim se njegove odluke stavljaju iznad sudstva, što je izazvalo bes javnosti koji je kulminirao masovnim protestima protiv njega u junu i julu 2013. godine.
Egipatska vojska je 3. jula te godine svgnula sa vlasti Morsija, a on je od tada izveden na niz suđenja.