On je umro u svojoj ćeliji u pritvoru Haškog tribunala tokom suđenja za ratne zločine i zločine protiv čovečnosti na Kosovu i u Hrvatskoj, i za genocid u Bosni i Hercegovini.
Pošto gradske i državne vlasti nisu dale dozvole koje su tražili porodica i visoki finkcioneri Socijalističke partije Srbije (SPS) da se on sahrani u Beogradu uz državne počasti, sahranjen je u dvorištu porodične kuće svoje supruge Mirjane Marković u Požarevcu.
Posle višečasovnog oproštaja i govora u Beogradu i Požarevcu, sahrana je obavljena u sumrak. Sahrani, koja je obavljena bez verskog obreda, nije prisustvovao niko od članova najuže porodice, jer, kako su naveli, nisu dobili dovoljne garancije za svoju bezbednost.
Miloševićeva supruga Mirjana Marković napustila je zemlju 23. februara 2003, a sin Marko je otišao odmah pošto je Milošević 5. oktobra 2000. bio prinuđen da prizna poraz na izborima za predsednika SR Jugoslavije. Oboje danas žive u Rusiji, a kćerka Marija u Crnoj Gori.
Mirjani Marković se sudi u odsustvu zbog zloupotrebe službenog položaja i za njom je raspisana poternica. Poternica je bila raspisana i za Markom Miloševićem, kome se, takođe u odsustvu, sudilo u Požarevcu po tužbi trojice „otporaša”, ali je u međuvremenu oslobođen svih optužbi zbog apsolutne zastarelosti.
Milošević je bio lider Socijalističke partije Srbije (SPS), dva puta predsednik Srbije, a potom predsednik SR Jugoslavije.
Desetogodišnja autokratska vladavina Slobodana Miloševića završena je 2000. pobedom kandidata udružene Demokratske opozicije Srbije (DOS) Vojislava Koštunice na izborima za predsednika SRJ.
Posle pobede DOS-a na tim izborima, 24. septembra 2000. godine, ne želeći da prizna poraz, SPS i njen lider su izazvali postizbornu krizu koja je zapretila građanskim ratom u Srbiji. Kriza je okončana 5. oktobra posle masovnih demonstracija građana širom Srbije.
Uhapšen je 1. aprila 2001. zbog zloupotrebe službenog položaja, nepunih šest meseci pošto je okončana njegova vladavina.
U maju 1999, u toku NATO bombardovanja, Haški tribunal je podigao optužnicu protiv Miloševića zbog zločina tokom sukoba na Kosovu, a dve godine kasnije optužnicu zbog zločina u Hrvatskoj. Krajem 2001. optužen je i za genocid nad muslimanima i Hrvatima u BiH.
Na osnovu Uredbe Vlade Srbije, Milošević je Haškom tribunalu izručen 28. juna 2001, tačno 12 godina posle govora na Gazimestanu.
