Njegoševa zavetna crkva nalazila se na Jezerskom vrhu, na Lovćenu gde ju je još za života podigao Petar Drugi Petrović Njegoš kao crkvu - kapelu posvećenu Svetom Petru Cetinjskom 1845. godine. Prema kazivanju njegovog brata Pera, vladika je u smrtnom času izrazio želju da u njoj bude pokopan
Vladika Petar Petrović Njegoš umro je 19/31. oktobra 1851. godine, „na ustavke Lučina dne“, kako u pismu Vuku Karadžiću od 10/22. novembra piše Vuk Popović, sveštenik u Kotoru. Sveštenik navodi i to da je vladika pokopan tri dana kasnije u „najljepšoj odeždi koji mu je ruska carica poklonila“
Usled vremenskih neprilika ali i bojazni da bi Turci mogli oskrnaviti grob, vladika je sahranjen u Cetinjskom manastiru, da bi nakon 4. godine njegovi posmrtni ostaci bili položeni u kapelu na vrh Lovćena.
Decenijama je zavetna crkva na Jezerskom vrhu bdila nad Cetinjem neoštećena, sve do austrougarske okupaciije 1916. godine kada su je granate ispaljene sa okupatorskih brodova znatno oštetile. Te iste godine, okupatorske vlasti su naredili crnogorskom mitropolitu Mitrofanu da Njegoševe posmrtne ostatke eshimira i prenese u Cetinje
Prema svedočenju dr Laze Tomanovića koji je sa još trojicom iz delegacije pored civilnog komesara za Crnu Goru, barona Šternbaka i njegovog pomoćnika barona Šmita i četiri vojnika, prisustvovao ekshumaciji, zemni ostaci vladike su pažljivo izvađeni i u škrinji snete sa Lovćena u Cetinjski manastir gde su opojene
Po oslobođenju zemlje od austrougarskog okupatora, mitropolit Gavrilo Dožić pokrenuo je na Svetom Arhijerejskom Saboru 1920. godine, inicijativu za obnovu Njegoševe zadužbine na Lovćenu i povratak u nju Njegoševog praha, ali je nedostatak finansija kočio otpočinjanje radova.
Ne našavši rešenje mitropolit Gavrilo upućuje molbu za pomoć kralju Aleksandru, koji blagonaklono prihvata zamisao obnove Njegoševe zadužbine i obećava da će za to dati sva potrebna sredstva.
Probitno, projekat obnove Njegoševe zavetne crkve pripao je dvorskom vajaru Ivanu Meštroviću. Međutim, njegovo idejno rešenje, po kome bi kapela bila više mauzolej nego sakralni objekat, nije naišlo na odobravanje u crkvenim krugovima, pa se od njega odustalo.
Projekat obnove Kapele, kralj daje dvorskom arhitekti Nikolaju Krasnovu, čuvenom ruskom carskom arhitekti koji je projektovao neke od najmonumentalnijih objekata u Kraljevini Jugoslaviji.
Odmah po dobijanju projekta, Krasnov je otišao na Lovćen gde je na licu mesta upoznao stanje ruševina Njegoševe zadužbine, koju je fotografisao, a zatim uradio akvarele, crteže i planove za njenu obnovu, po ugledu na tradicionalnu arhitekturu primorskih kružnih crkvica
Unutrašnjost je bila izgrađena po uzoru na staru kapelu. Sa desne strane postavljen je sarkofag pokriven mermernom pločom, u koji su smešteni zemni ostaci crnogorskog vladike. Kapelu je oslikao čuveni srpski slikar Uroš Predić
Prenos Njegoševih zemnih ostataka bio je određen za 21. septembar, a kralj i kraljica su putovanje u Crnu Goru započeli još 12. septembra obilaskom više gradova i manastira. Ovim povodom pristigao je na Cetinje i srpski patrijarh Dimitrije Pavlović, koji je lično odslužio Službu u pomen Njegošu
Posle osvećenja crkve i završetka svečanosti, mitropolit Dožić želeo je da ključ kapele uruči kralju, ali je on to odbio, smatrajući da ključ treba da bude u mitropoliji na Cetinju.
Kapela na Lovćenu je sa malim oštećenjem preživela Drugi svetski rat, da bi voljom crnogorskih posleratnih vlasti 1974 godine bila porušena, a na njenom mestu podignut mermerni mauzolej po projektu Ivana Meštrovića