Pre više od dva veka, u gustoj šumi (gde je sada bogomolja) daleke 1804. godine nalazio se logor srpskih ustanika odlučnih da stanu na kraj samovolji i tiraniji turskih dahija smeštenih u Beogradskoj tvrđavi. Ustanici, pod vođstvom Karađorđa držali su Beograd pod opsadom, onemogućavajući janičarima izlaz iz opkoljene prestonice, kao i snabdevanje hranom i džebanom(municijom)
Prema kazivanju savremenika ondašnjih burnih vremena, Karađorđe je sa grupom ustanika otišao u Jagodinu kako bi sprečio nadiranje krdžalija Gušanac Alije ka Beogradu, ostavivivši u Topčideru vojvode Simu Markovića, Milana Obrenovića i Miloša Teodorović-Višnjića(kasnije kneza Miloša) da u Topčideru čuvaju prilaz prestonici i spreče dovoz hrane opsednutim janičarima.
Krivicom Miloša Obrenovića, koji je umesto da čuva most na Topčiderskoj reci, otišao u Ostružnicu, janičari su došli do hrane. Saznavši za propust, po povratku iz Jagodine, Karađorđe je na Miloša potegao kuburu.
Tane iz kubure bi najverovatnije Miloša pogodilo i usmrtilo, da vojvoda Mladen Milovanović(na slici) nije Karađorđa po ruci udario. Veliki vožd se ubrzo razljutio, a Miloš se zavetovao da će na tom mestu crkvu sagraditi. Zavet je, trideset godina kasnije i ispunio
Tačan datum početka gradnje crkve nije poznat, ali se pretpostavlja da je podignuta između 1832. i 1834. godine. Gradili su je ondašnji poznati neimari Janja Mihailović i Nikola Đorđević. Gradnju dunđera Janje u početku je nadgledao Toma Vučić Perišić, a kasnije Jevrem Obrenović. Knez Miloš je takođe nadzirao gradnju, neretko menjajući odluke i naredbe
Troškovi gradnje iznosili su preko 70.000 groša(iz državne kase) a knez Miloš je dao kamen, kreč i pesak besplatno. Postoji podatak da su tokom gradnje korišćeni i nadgrobni spomenici starog groblja, te se tako u porti hrama može videti jedna od tih nadgrobnih ploča
Crkva je sagrađena od tesanog kamena, žućkastog sitnog peščara, koji je otporan na vremenske uticaje. Građena je ravnomerno, sa jedva primetnim fugama, tako da deluje kao da je od jednog kamena
Knez Miloš je topčiderskoj crkvi darovao tri zvona, od kojih su dva u Prvom svetskom ratu skinuta i odneta u Beč gde su zajedno sa ostalim zvonima, pokupljenim iz pravoslavnih hramova, pretopljena i upotrebljena u ratne svrhe. Treće najmanje zvono je sačuvano
Ukrašavanje crkve i ikonostasa nadzirao je mitropolit Patar iz čijih zabeleški se vidi da je crkva završena 30 aprila 1934. a da je osvećenje izvršeno 1935. godine.