Badnjarević je u mladoj ekipi moskovskog kluba proveo dve godine, a pre toga je radio kao pomoćni trener u Nižnjem Novgorodu.
Trenersku karijeru je započeo u Radničkom iz Kragujevca, vodio je mladi tim Crvene zvezde, a potom je radio u Larisi, PAOK, Ibonu iz Nikšića, Lavovima, Beopetrolu, Aradu, Igokei, Černom Moru, Susu, Temišvaru, Manami i Afrikenu pre nego što je stigao u Rusiju.