Šojgu je na čelo Ministarstva odbrane postavljen u novembru 2012. godine, gde je zamenio Anatolija Serdjukova. Ruski predsednik Vladimir Putin je tom prilikom rekao da novi ministar odbrane „treba da bude čovek koji može da nastavi sve pozitivne stvari u cilju dinamičnog razvoja Oružanih snaga, da obezbedi realizaciju državnih nabavki i svih velikih planova o modernizaciji ruske vojske“.
Oružje bez premca u svetu — „Cirkon“, „Sarmat“, „Avangard“
Pre nego što je preuzeo odgovornost za odbranu države, Šojgu je od nule formirao potpuno novo odeljenje. Ruski spasilački korpus koji je nastao 1991. godine, kada je zemlja bila u teškom periodu, za 20 godina pod rukovodstvom Šojgua postao je efikasno sredstvo za spašavanje života, a odeljenje je dobilo priznanje u celom svetu.
Ruski spasioci su učestvovali u eliminisanju posledica vanrednih situacija, kao i u humanitarnim operacijama u mnogim zemljama sveta.
Nakon što je dužnost ministra za vanredne situacije nakratko zamenio funkcijom gubernatora Moskovske oblasti za vreme predsednika Dmitrija Medvedeva, Šojgu se ponovo našao u sastavu Vlade, ali kao ministar odbrane Rusije.
Kada je došao na čelo Ministarstva odbrane, Šojgu je počeo sa gradnjom Nacionalnog centra za upravljanje odbranom Rusije (NCUO). Za godinu dana je nikao jedan od najmoćnijih centara uprave u svetu.
Udeo savremenih jedinica vojne tehnike u ruskoj vojsci krajem prošle godine dostigao je 68,2 odsto.
Istovremeno, udeo savremenog naoružanja u Raketnoj vojsci strateške namene premašio je 76 odsto, a u nuklearnoj trijadi čini 82 odsto.
Krajem prošle godine na dužnost je stupio prvi raketni puk naoružan raketnim sistemom „Avangard“ sa hipersoničnim krstarećim blokovima, a to je oružje koje nema pandana u svetu.
Oružane snage su upotpunjene modernizovanim nosačima raketa, podmornicama i brodovima.
Formirano je radarsko polje Sistema upozoravanja na raketne napade, koji prati lansiranja balističkih raketa.
Testiranje najnovijih jedinica ruskog naoružanja je u toku, uključujući i rusku supersoničnu protivbrodsku krstareću raketu „Cirkon“ i perspektivni ruski strateški raketni sistem „Sarmat“, kao i druge napredne primerke naoružanja.
Iskustvo ruske vojske u Siriji i „sirijski ekspres“
Prema mišljenju mnogih vojnih stručnjaka, organizacija vojne operacije protiv sirijskih terorista u osnovi se razlikuje od akcija ruske vojske 2008. godine tokom gruzijsko-osetijskog sukoba.
Dobro obučene jedinice ruske vojske pritekle su 2015. godine u pomoć sirijskoj vladi.
Skoro ceo letački sastav i većina oficira Rusije stekli su borbeno iskustvo u Siriji. Pored toga, u borbenim uslovima je testirano mnogo jedinica novog ruskog oružja, koje je kasnije dorađeno u skladu sa rezultatima testiranja.
Vojni stručnjaci su za mesec u Siriji uspeli da rasporede grupu na aerodromu „Hmejmim“ i da uspostave neprekidnu isporuku oružja, municije i goriva, kao i hrane, lekova i drugih neophodnih sredstava. Tu logističku operaciju visoko su ocenili zapadni stručnjaci.
Prema saopštenju ruskog Ministarstva odbrane, analitičari NATO-a nazvali su ruski sistem dostave materijalnih sredstava u Siriju „sirijski ekspres“.
Izgradnja vojne infrastrukture
Ministar odbrane ne posvećuje samo veliku pažnju izgradnji vojne infrastrukture, nego i izgradnji stambenih objekata za vojsku, kao i socijalnih objekata.
Posebno se kontroliše izgradnja infrastrukture, obrazovnih i medicinskih ustanova na Arktiku.
Ministarstvo odbrane Rusije, na čelu sa Šojguom, inicijator je formiranja najvećeg omladinskog pokreta u Rusiji „Junarmija“, koji, prema rečima ministra, ima za cilj da školuje dostojne građane Rusije, a ne vojnike.
Predsednik Geografskog društva
Pored toga što se nalazi na dužnosti ministra odbrane Rusije, Šojgu je i predsednikRuskog geografskog društva. Ministar je više puta govorio o ljubavi prema svom rodnom kraju i tajgi, koja, po njegovim rečima, stvara osećaj slobode.
Ministar odbrane smatra da svaki Rus treba da poseti istaknuta mesta svoje zemlje, a aktivno promoviše tu ideju kroz projekte Ruskog geografskog društva.
Kolege govore o Šojguu kao o čoveku koji kod drugih ceni profesionalne osobine. U jednom od svojih intervjua, govoreći o tajnama uspeha, ministar je rekao da „treba voleti svoj posao, svoju profesiju, jer se naš svet sve više pretvara u svet totalnog menadžmenta“.
Međutim, po mišljenju Šojgua, nijedan „menadžer“ ne može postati Tupoljev, Iljušin ili Kurčatov.
Šojgu je više puta isticao da je spreman da radi bilo gde i da se rukovodi principom timskog rada.
„Ako sutra kaže predsednik — treba da budeš šumar, idem da radim kao šumar, pa šta? Smatram da je to glavni princip timskog rada“, ocenio je Šojgu.