Brnabićeva je venac položila u prisustvu ministara Nebojše Stefanovića, Aleksandra Antića, Zorane Mihajlović, Siniše Malog, Nenada Popovića, Mladena Šarčevića, Vanje Udovičića, Nele Kuburović, Slavice Đukić Dejanović, kao i državnog sekretara u Ministarstvu spoljnih poslova Veljka Odalovića.
Đinđić je ubijen 12. marta 2003. godine ispred ulaza u Vladu Srbije u Nemanjinoj ulici u Beogradu.
U prvom saopštenju posle ubistva premijera, Vlada Srbije je kao organizatore i počinioce atentata označila kriminalce iz takozvanog zemunskog klana, a kao kolovođe grupe identifikovala nekadašnjeg komandanta raspuštene Jedinice za specijalne operacije (JSO) Milorada Ulemeka Legiju, kao i vođe kriminalnog zemunskog klana Dušana Spasojevića Šiptara i Mileta Lukovića Kuma.
Vlada Srbije je, takođe, saopštila da je tog dana trebalo da bude potpisan nalog za hapšenje članova „najveće organizovane grupe na prostoru bivše Jugoslavije“, kako je označen zemunski klan.
Đinđić je u jednom od poslednjih intervjua pred ubistvo, a nakon neuspelog atentata 24. februara 2003. godine na auto-putu ispred Beogradske arene, demantovao tvrdnje da je sa takozvanim „crvenim beretkama“, pripadnicima JSO, sklopljen dogovor da 5. oktobra 2000. pomognu u zbacivanju Slobodana Miloševića u zamenu za „neko pravo iznad zakona“.
Nekoliko sati nakon ubistva Đinđića proglašeno je vanredno stanje u zemlji, koje je trajalo do 22. aprila, kada je ukinuto na predlog Vlade Srbije.
Đinđić je sahranjen 15. marta u Aleji zaslužnih građana na Novom groblju u Beogradu, uz prisustvo više od 70 stranih državnih delegacija. U pogrebnoj povorci na ulicama Beograda bilo je više stotina hiljada građana.