Šojgu je prvi put na državnu funkciju došao 17. aprila 1991. godine odlukom Saveta ministara RSFSR-a, kada je imenovan za predsednika Ruskog spasilačkog korpusa, koji je kasnije postao jedan od najboljih u svetu.
Kako „Zvezda“ ističe, još tada je Šojgu razvio prepoznatljiv stil rukovođenja — on nikada nije rukovodio operacijama iz kancelarije, već se uvek nalazio na mestu događaja, tamo gde je visok rizik.
Već sledeće godine, nakon Osetsko-inguškog sukoba, Šojgu nije postao samo glavni spasilac u zemlji, nego i mirotvorac, jer je uspeo da pronađe zajednički jezik sa zaraćenim stranama.
Potom, nakon jedne njegove izjave da je služba za vanredne situacije van domašaja politike, Šojgu je postao i „heroj“ Rusije, a to zvanje je zvanično dobio 1999. godine.
Četiri godine kasnije ministar je dobio čin generala vojske, a nakon devet godina rada u Ministarstvu za vanredne situacije Šojgu je preuzeo dužnost guvernera Moskovske oblasti, nakon čega je imenovan za ministra odbrane Rusije. Na toj poziciji se nalazi sve do danas.